ある日、普通の高校生だった主人公、本郷 恭助がカツアゲにあった日の帰り道の路地裏で一人のヤクザとぶつかった。
焦躁しきったヤクザに銃を向けられ、絶体絶命かと思われた矢先。静かに心臓を背後から突き刺した一人の少女、一ノ瀬 雪子との出会いで、平穏だった日常は一変する。
ヤクザ同士の抗争に巻き込まれ、尋常ならざるチカラ『異能』を手に入れた主人公は、異能と殺し屋たちの複雑な世界を垣間見た。
そして主人公は自分の《出生》の秘密、抗えない異能者との《運命》、殺し屋たちの数奇な《物語》に翻弄される。