プロローグ
第一幕:野良ティラノサウルスに餌を与えないでください
幕間-1
第二幕:新六甲島に古生物はいらない
幕間-2
第三幕:特定危険古生物・コードネーム〝チャレンジャー〟
幕間-3
第四幕: Welcome to Paleontologic World
第五幕:その古生物に、未来はあるか
エピローグ
致死性の感染症〝ヒトウドンコ病〟の蔓延により島民の大半を失った人工島「新六甲島」は、島の復興を任されたバイオ企業NInGen社によって古生物復活研究の実験場となった。しかし一部の危険な古生物は島内において野生化、NInGen社はそれに対処するため、危険古生物対策課を設置する。島民の一人、蜜柑木ハルツキもその一員として、恐竜や古代肉食獣の捕獲に勤しんでいた。
だが、NInGen社にはハルツキも知らない真の目的があった。
NInGen社を裏から操る謎の組織〝輪読会〟、ヒトウドンコ病エピデミックには裏があると主張する反NInGen過激派グループ、そして極秘に作られたという〝特定危険古代生物〟……様々な勢力の思惑が絡み合い、島に危機が訪れる。
そして、ハルツキはNInGen社の真の目的と世界の真実、更には現生人類に迫る危機をも知ることになる。
果たして現生人類は、絶滅した古生物の一種となるのか? それとも……?