3番線のホーム あの入江で、わたしはあなたを待っている

人々は夢を見ている。

現実と、非現実。

その境界線には、果てのない「線路」があった。

地平線の彼方へと伸びる、3番線の線路。

線路は、“いつの日かの世界”からやって来ていた。

昨日でも、今日でも無い世界から。

「線路を走る電車には、帰りの便がない。それでも行くの？」

夢と現実、——生と死の狭間にて繁栄する街、「黄泉國(よもつくに)」。

そこでは、人々の魂を捕食する存在、“ソウルイーター”と呼ばれる獣が跋扈していた。

これら魔物は人々の魂に棲みつき、内側から命を蝕んでいく存在であり、古くから下界(ソウル・シティ)を脅かす存在として忌み嫌われていた。

近年、ソウルイーターと呼ばれる怪物たちはその勢力を広げつつあり、『十界曼荼羅』と呼ばれる謎の軍事戦略組織が、黄泉国の中央に鎮座する『八葉蓮華』を破壊しようと目論んでいた。

八葉蓮華は人々の魂が輪廻するために必要なエネルギーの通り道であり、魂が持つ記憶を浄化し、新たな生へと昇華するための事象変異機関(Sマトリクス機関)であった。

出雲国真那(いずもくにまな)は、元々ソウルイーターとして生まれた魔物であったが、ある出来事を境に、ソウル・シティに紛れ込んでしまう。

紛れ込んだ当時、幼子の姿であった彼女を森の中で見つけた平山薫は、彼女を匿い、自らの娘として育てることを決意する。

平山薫は、黄泉国の元住人であり、ソウル・シティに紛れ込む魔物たちを討伐する役割を担うハンターだった。

ある日、魔物との戦闘によって脳に重い傷を負ってしまった薫は、植物状態となり、1年以上意識不明の状態が続いていた。

真那は自らがソウル・イーターであること、人間ではない異形の怪物であることを知らされないまま、12年もの間下界で暮らしていた。

しかし、薫の書斎で、彼女が書いた一冊の日記を発見し、そこで自らの存在や、薫が待ち受ける運命を目の当たりにする。

薫の意識が戻らないことを悟った真那は、急ぎ病院へと向かうが——