同じ日が繰り返されるという時空の歪みが発生した機械都市、ベベル。
謎の異空間に閉じ込められた街の人々は、繰り返される時間と日常の地平面上に、何年も取り残されたままだった。
学園都市カントーの研究者たちは、この謎の現象に立ち向かうべく、何人もの派遣部隊を送り込み続けていた。
東堂ハルカもその1人だ。
異空間に閉じ込められたままの妹を助けるため、立ち入りが封鎖されたベベルへの調査団に、自ら志願したのだった。
神の実験と称された『時間結晶化プログラム』
その壮大な計画を阻止すべく、人々は立ち上がる。
全ては、遠い昔に失われた「今日」を、取り戻すために。