前世の記憶を持ったまま異世界に転生したエルクト（エル）。その世界には人間と精霊がいて、精霊と契約した人間『精霊使い』という存在もいた。幼い頃、精霊使いに興味を持ったエルは、いずれ自分も精霊使いになることを夢見た。
月日は流れ、十五歳になったエルと、幼馴染のリルカ（リル）。とある出来事がきっかけで、リルは精霊使いになっていた。自分だけ置き去りにされたような歯がゆさを感じつつも、リルには立派な精霊使いになって、幸せになってほしいとも思うエル。
そんなある日、帝都から一通の手紙が届く。それは精霊使いを育てる機関、エリア学園からの推薦状だった。この手紙をきっかけに、エルの運命は大きく動き出す。
世界を覆いつくそうとしている【穢れ】、世界の精霊と八千年前の戦い。
大切な幼馴染を守るために手に入れた力で、エルは世界を守るため旅立つ！