「わたしと、融合して……!」
レイダーズと呼ばれる未知の生命体に支配された世界。
とある人間は世界を救うため過去へのタイムスリップを決意する。そこでレイダーズ襲撃の警鐘を鳴らし、レイダーズに対抗出来る融合能力者の存在を伝える。
過去の世界。まだ世界が人類の手にあった頃、高校生・葛城勇樹(かつらぎ・ゆうき)はレイダーズと遭遇。殺されかけたその時、いきなり現れた美少女ルリに自分と融合して欲しいと告げられる。
訳が分からなかったが勇樹はルリと融合する事ができ、圧倒的な力でレイダーズを倒す。勇樹こそが融合能力の持ち主であったのだ。
融合相手によって異なる能力を発揮しながら勇樹は戦いに身を投じる。
そんな中、人間の少女にしか見えない姿をしたレイダーズが現れ、意味深な言葉を発する。
「私たちを作ったのは貴方たちなのよ」
果たしてレイダーズを作ったのは人類なのか!? 次々に凶悪・強力化するレイダーズに苦しめられながら、勇樹の戦いは続いて行く。レイダーズの築いたダンジョン攻略を始めとする戦い。それは真実を探求する戦いでもあった。
しかし、人類は勇樹を裏切る。勇樹には不要の烙印が押されてしまう。勇樹は融合能力者の量産のためのモルモットだったのだ!
勇樹はレイダーズの集団の中に孤立させられ絶体絶命の危機に陥ってしまう。
「さようなら、勇樹。これも人類のため。真実を知った貴方を生かしてはおけない」
「お前は俺を利用していたのか……ルリ!」