人類は22世紀に突入し、科学技術が飛躍的な発展を遂げた。しかし、突如として発生した未知の細胞、『Z-細胞(BB)』が、人類の運命を大きく変えることになる。BBは人間の細胞に侵入し、遺伝子変異を引き起こした。その影響で大半の人類は命を落とし、わずかに生き残った者たちもまた、いつ変異するかわからない不安と共に生き続けていた。

BBによって変異した者のうち、ごく一部は「黒化(ダーク・インストール)」と呼ばれる現象を起こし、超人的な力を手にする。しかしその代償として、記憶と人間性を失い、破壊の限りを尽くす化け物へと変貌してしまう。一方で、完全に知性を喪失した「劣化」個体も多発し、文明の崩壊を加速させた。

それから千年。

人類の大都市は崩壊し、荒廃した廃墟となり、世界は「終末期」と呼ばれる時代へ突入する。生き残った人々は「影」に侵食されない僻地へと逃れ、小さな集落を作り、細々とした生活を続けていた。

そんな世界の片隅、辺境の町・ルカに住む少年、クロノア・クロリスは、BBに汚染されながらも変異を免れていた。しかし、彼の幼馴染であるロゼ・スカーレットは、変異の兆候を見せ始めていた。

ある日、変異を遅らせる薬草「スズラン」を探しに山へ向かったクロリスと親友のポポルは、帰還した町で凄惨な光景を目にする。家々は炎に包まれ、住民たちは逃げ惑い、破壊の中心には変わり果てたロゼがいた。

彼女は完全な「影」と化し、かつての記憶を失い、仲間だった人々を手にかけていた。クロリスとポポルは必死に彼女を呼び戻そうとするが、その声はもはや届かない。ロゼは一瞬の躊躇を見せるも、やがて完全に「心」を喪い、2人へと牙を剥く。

彼女の攻撃により、クロリスは瀕死の重傷を負う。命の灯火が消えかけたその瞬間——彼の中で「変異」が起こった。

しかし、その変異は通常のものとは異なっていた。クロリスはBBを浄化する特殊な能力を宿した、『第3世代(ザ・サードバースデー)』と呼ばれる新たな存在へと進化したのだった。

これは、BBという“星の癌”に抗う最後の希望となった少年の物語である。

そして、彼と共に生きる者たちが、荒廃した世界で「生存」という名の戦いに身を投じていく——。