今年十五歳となった柊尊（ひいらぎたける）は、傲岸不遜なくせに妹にのみ態度を変える超のつくシスコン。そんな彼が学園に入学したので、教官兼お目付け役の律子（りつこ）は苦労が絶えない。入学先は、十五年前のウイルス蔓延により誕生した怪物、対『フレイアX（いくす）』の為に設立された騎士団士官学園である。『フレイアX』の侵入を阻む高い城壁に囲まれた『安全地帯』を守護するのが、彼らの任務内容の一つだ。
あるとき、尊は学園長・瀬戸（せと）から同時期に起こった『騎士団』団員殺害事件の犯人を見つけることを課せられる。城壁の外、『危険区域』に住む美神朱莉（みかみあかり）との出会い、『フレイアX』の『安全地帯』への侵入……一見無関係に見える事柄がつながったとき、事態は『安全地帯』を揺るがす大事件へと発展していく。