穂の国【日ノ本】ー。有数の米の産処として豊かな国だったが、ある頃から多くの土地で全く稲が育たなくなってしまう。米を失った日ノ本は衰退し、地方は深刻な飢餓状態に陥っていた。そんな中、謎の生体「ホナリ」が現れる。ホナリの身体を纏っているものは米だと判明し、その米を収穫するべく「収穫士」が結成された。
12歳を迎え、自身の村のために「収穫士」に志願した稲丸(いねまる)はホナリ収穫に力を入れていた。そんな中、ホナリの驚くべき正体が明らかになりー。