夏休みを迎えた僕(こだま)は夏休みを無駄に過ごしたくない為、目標を決めた。一つはバイクの免許を取る事。そしてもう一つはラテン語の古い辞書を翻訳すること。
そんな夏の或る日、こだまは古い辞書の中にQRコードに似たものを見つける。それをスマホアプリで写真として取り込んだ後、強大な地震に遭遇する。その翌日こだまの元をひとりの人物が訪ねて来て言った。それは「千年封印(ミレニアムロック)」された扉が開いたため世界の気候が異常をきたした為だと。それを開放したのがこだまであり、解放されたものをもとに戻すには「千年封印」の扉を閉める力のある「ハンドル」を探すしかないと言われる。
嘘か本当か分からないまますごすこだまに、巨大な最悪な台風が日本を襲うニュースが流れて来る。
こだまはその人物と共にそのハンドルを探して巨大な台風を封じようとするが、巨大な台風が迫りくる中、そのハンドルを探すこだまにある組織の黒い影が迫る。
果たしてこだまは巨大な台風を止めることができるだろうか?